第1話　本編

『土井半助』失踪、『天鬼』襲来。 タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった後、消息を絶ってしまった土井先生― 山田先生と六年生による土井先生の捜索が始まる中、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と、尊奈門が教壇に立つことに! そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまうのだった。 一方、土井先生捜索中の六年生の前に突如現れたのは、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼。 その顔は、土井先生と瓜二つで― 忍たま達に立ちはだかる最強の敵を前に、今、強き「絆」が試される。 果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、土井先生を取り戻すことができるのか―!?