第1話　本編

時間軸を移動しつつ継続した、シリーズ物としては実にユニークな「猿の惑星」の第５作にして完結編。前作「猿の惑星・征服」で勝利の凱歌を上げたシーザーが今回も主人公。大規模な戦争の後、文明が後退した地上では猿と人間が共存していた。両親が映っているビデオテープが廃墟となった都市の地下にあることを知ったシーザーは探索へ出かけるが、そこには放射能におかされミュータント化した人間が生存していた。人間たちは猿の集落を攻撃、両者の間で戦闘が始まった……。