第1話　本編

人気アニメ「機動警察パトレイバー」シリーズ初の実写作品として製作された「THE NEXT GENERATON パトレイバー」のドラマ版全12話を、7章にわけて順次上映していく劇場上映版の最終章。ドラマ版最終話となるエピソード12「大いなる遺産」とシリーズの総集編で構成される。警視総監が病に倒れ、警察内部で後継者人事が噂される中、無用の長物と揶揄されてきた特車二課は、解体の危機が現実となり始める。特車二課隊長の後藤田は、先代の隊長・後藤が二課存続のため警察内部に仕かけたという「遺産」を探り始め、やがてある男の存在にたどり着く。エピソード12では、1993年に製作・公開された劇場版アニメ「機動警察パトレイバー2 the Movie」の後日譚となるストーリーが展開する。