第1話　本編

昏睡状態に陥り、現実世界と仮想世界の間を彷徨っていたネオ。仲間の助力で現実に戻ってきた彼は、ある決心を固め、トリニティーと２人だけで敵の中枢に向かう。一方、人工知能側は、ザイオンを壊滅させるため、センティネルズの大群で猛攻を仕掛けた。迎え撃つ反乱軍は、圧倒的に不利ながらも、モーフィアスたちの確固とした信念のもとに死闘を展開する。そんな中、エージェント・スミスは、人工知能も制御できないほどのパワーを増幅、完全にプログラムから独立し、人類の命運を賭けるネオとの最終決戦に備えていた…。