第1話　本編

自分が暮らしていた世界が実はコンピュータが作り出した仮想現実の世界と知り、モーフィアス率いるゲリラ集団に加わり、やがて人類の救世主として覚醒したネオ。コンピュータの支配から人類を解放するための闘いを続けるネオとその仲間たちだったが、ある時ついに人類最後の都市ザイオンの位置がコンピュータに特定されてしまう。ザイオンを救うためには、マトリックスの全ての入り口にアクセスできるという人物“キー・メーカー”の存在が不可欠だった。そこでネオとトリニティー、モーフィアスは彼を求めて再びマトリックス世界へと足を踏み入れるのだったが…。