第1話　本編

怪事件をみごと解決し一躍ヒーローとなったミステリー社の４人と一匹。ところが“犯罪学博物館”でのセレモニーの最中に事件は起きる。展示中のプテロ・ゴーストが突然暴れだし会場は大混乱、そこへ正体不明の仮面男が現われ、すべてミステリー社の責任だと彼らを非難したのだ。この騒動でモンスターを捕り逃したミステリー社の評判はガタ落ち、マスコミの批判に晒される。シャギーとスクービーは汚名をそそごうと、彼らだけで行動を起こす。残ったメンバーも仮面の男の正体を突き止めるため捜査を開始するのだったが…。