第1話　本編

人気ブラウザゲームを原作としたアニメの劇場版。謎の敵・深海棲艦と激戦を繰り広げてきた艦娘たち。鎮守府の存亡を懸けた「MI作戦」の成功を足掛かりに、敵泊地の攻略を続ける艦娘たちだが、目標とする海域に重大な異変が起きていることが判明する。