第1話　本編

西暦995年 京都。
藤原道長が栄華を極めた平安期の都。
道長と安倍晴明の密談により、大江山に棲まう鬼・酒呑童子の討伐を命じられた源頼光たちは、かつて見たことのない様相の敵に道を阻まれる。その正体は歴史改変を目論む“歴史修正主義者”が放った“時間遡行軍“。この窮地を救ったのが、三日月宗近ら歴史を守るべく戦う“刀剣男士“たちであった。彼らの活躍により、無事に任務が完了したはずだったが、酒呑童子の最期の呪いを受けた山姥切国広は、光とともに姿を消してしまう――。