第1話　本編

自分の気持ちをうまく言葉にできない中学生の琉花は、夏休みの初日に部活でトラブルを起こし、居場所がなくなってしまう。彼女が父親が働く水族館を訪ねると、ジュゴンに育てられたという不思議な少年・海とその兄・空と出会い、彼らを通じて見たことのない世界に触れる。同じころ、海の生き物たちが日本へ移動し始めるなど、地球上でさまざまな異変が始まる。