第1話　本編

松本零士原作のＳＦアニメ「銀河鉄道999」が前作の劇場公開から17年の時を経て、映画で登場。機械帝国との戦いから１年が過ぎようとしていたころ、鉄郎は地球の新たなる支配者“ボルカザンダ３世”に危険分子と見なされ、処刑されようとしていた。そんな彼の窮地を救うため、銀河鉄道999でメーテルが駆けつける。久しぶりの再会に喜ぶふたり。鉄郎はメーテルより“戦士の銃”を受け取り、再び999号に乗って、新たなる宇宙の旅へ出かける。