第1話　本編

幼いアネモネを残して戦地に赴いた父の死から7年後、彼女は父が亡くなった東京にいた。彼女は、人類の敵「7番目のエウレカ=エウレカセブン」を倒すため、実験部隊アシッドの作戦の要としてやって来たのだった。人類から希望を託されたアネモネは、エウレカセブンの内部に入り込む。