第1話　本編

光子力研究所の仲間たちと力を合わせ、さらにスーパーロボット・マジンガーZを操り、人類を滅亡の危機に陥れようとした悪の科学者Dr.ヘルと彼の率いる地下帝国を壊滅させた兜甲児。それから10年の月日が流れ、世界は平和を取り戻し、彼は祖父や父と同じ科学者の道を歩んでいた。ある日、兜は富士山の地中で巨大な構造物と未知の生命反応に遭遇。それを機に人類は新たな脅威にさらされ、兜は再び人類を守ろうとマジンガーZを操縦して過酷な戦いに身を投じることになる。