第1話　本編

5歳の少年宗介は、海辺の小さな町のがけの上の一軒家で暮らしていた。市街地から外れた彼の家の周囲には何もさえぎるものはなく、ただただ青く美しい海と空が広がっている。仕事で留守になりがちな父親の不在を寂しく思っていた宗介だったが、ある日、浜でさかなの子ポニョと出会うことでその寂しさも忘れ、やがて2人は強いきずなで結ばれていく。