第1話　本編

サンライズ製作のSFロボットアニメの続編。主人公が体制側に反逆するというピカレスクドラマはそのままに、物語のスケールとエンターテイメント性の強化が図られている。　神聖ブリタニア帝国に支配され、エリア11と呼ばれた日本。ブリタニアの支配から独立を企む黒の騎士団は、後にブラックリベリオンといわれる独立戦争を起こすものの、指導者であるゼロの失踪により大敗。日本は更なる圧政を受けることとなる。　その1年後、学生としての日々を過ごすルルーシュ・ランペルージは黒の騎士団残党の襲撃に巻き込まれ、さらに少女C.C.と邂逅することで、自分がゼロであることを思い出す。記憶を取り戻したルルーシュは、次こそブリタニア帝国を倒すべく再び立ち上がるのだった。