第1話　本編

「ガメラ　大怪獣空中決戦」の好評を受けて登場したシリーズ第２弾。今回は、惑星そのものの生態系を侵略しようとする宇宙生物レギオンとガメラを交えた人類との戦いを描く。北海道に落下した隕石を調査する自衛隊は、何者かが地下を通って札幌方面に移動していることを突き止める。やがて地下鉄で巨大昆虫が現れる事件が起こり、同時に巨大な植物が発生する。それは繁殖を開始した宇宙生物の仕業だった。ガメラは地球環境を守るべくその生物群に戦いを挑むのだが……。