第1話　本編

富士火山帯の活動が活発化し、富士山が噴火した。その噴火に導かれてガメラが現れる。ガメラは溶岩を求めて火口の中に消えて行った。富士山噴火の調査団を乗せたヘリコプターが山中から発射された謎の光線によって墜落した。新聞記者とともに事故現場に行った英一は、コウモリのような翼を持った怪獣の出現に遭遇する。超音波メス光線を発し高速で空を飛ぶ怪獣・ギャオスだった。