第1話　本編

前作『大怪獣ガメラ』から半年後、ガメラを宇宙に追放したＺプランのロケットが隕石と衝突、自由の身となったガメラは地球に戻り黒部ダムを襲撃、電気エネルギーを吸収するとさらに別の熱エネルギーを求めて何処かへ去って行った。一方、ニューギニアの奥地からは虹色の光線を出すバルゴンが現れた。