第1話　本編

世界各国で大ヒット中のテレビアニメ「ポケットモンスター」の劇場版第３弾。バトルで疲れたポケモンたちを休ませようとサトシ一行は心に安らぎを与える緑の町“グリーンフィールド”へ向かい、大きな館で寂しく暮らしている少女ミーと出会う。ミーは行方不明となった父親の残した奇妙な文字のカードを並び替え、謎のポケモン“アンノーン”を呼び出してしまい、それがきっかけでグリーンフィールドの町がみるみるうちに結晶に覆われてしまう。