第1話　本編

大ヒットゲーム・マトリックスの製作者・トーマスは、自分の生きている世界に違和感を抱き始めていた。やがてトーマスから“ネオ”として覚醒した彼は、仮想世界［マトリックス］に捕らわれているトリニティーを救うため、新たな戦いに身を投じていく…。