第1話　本編

豪華な声優陣も話題となった大ヒット・ゲーム・シリーズ初の劇場版アニメ。シルクハットの英国紳士レイトン教授と少年ルークが初めて挑んだナゾトキの旅を描く。レイトン教授とルークの声を担当するのはゲーム版同様、大泉洋と堀北真希。その他、水樹奈々、渡部篤郎、相武紗季が主要キャラクターの声を担当。ある日、レイトンのもとにかつての教え子で有名なオペラ歌手のジェニスからナゾトキ依頼の手紙が届く。そこには、行方不明だった友人ミリーナが７歳の少女になって現われ、“永遠の命を手に入れた”と言っていると書かれていた。さっそく調査に乗り出したレイトンは、ルークと助手のレミを伴い、オペラが上演される会場へとやって来るのだったが…。