第1話　本編

近未来。人間のほとんどはオルフェノクと化し、世界はスマートブレイン社によって支配されていた。生き残った人間の数は、わずか２千人余。最後まで希望を失わず、レジスタンス活動をつづける“人間解放軍”の象徴・園田真理は、乾巧が救世主・ファイズとして帰ってくることを固く信じていた。しかし、スマートブレインの総攻撃の前に消えた巧の消息は未だつかめていなかった。解放軍の水原や草加雅人はもはや真理の言葉に耳を貸さず勝手な行動を繰り返していた。一方、オルフェノクの中にも人間との共生の道を模索して解放軍に接触を試みる者も出てくるが…。