第1話　本編

劇場用作品「銀河鉄道９９９」の続編。原作は松本零士、監督は前作と同じくりんたろう。アンドロメダへの旅を終え、地球に戻ってきた鉄郎は、わずかに生き残った生身の体を持つ人々と共に、機械人間との戦争に身を投じていた。そんなある日、メーテルから「９９９に乗りなさい」というメッセージが届く。乗り込んだ９９９号は、前回乗ったときとはまったく違う、完全に機械化された無機質な列車だった。最初の停車駅“ラーメタル”は、メーテルの生まれ故郷と言われている星だった。鉄郎はそこで“ミャウダー”というレジスタンスと知り合い、友情を深める。だが、ミャウダーは鉄郎に「機械化帝国の女王の座をメーテルが継いだ」という不可解な情報を教える。再び９９９号に乗り込んだ鉄郎はメーテルと出会うが、彼女は以前の彼女とはどこか違ってみえた。何かに迷っているような彼女は、鉄郎に「列車から降りてふたりでどこかの星で暮らそう」ともちかけ...