第1話　本編

同名ゲームのその後を描いたTVアニメ。 物語の舞台は、トイズという能力を持った探偵と、同じく能力者ながら悪の道を行く怪盗とが、互いに争い合う偵都・ヨコハマ。ホームズ探偵学院に所属し、数々の事件を解決してきた探偵ユニット・ミルキィホームズのシャロ、ネロ、コーデリア、エリーの4人だが、ある日、ライバルの怪盗集団・怪盗帝国との対決の中で、突然トイズが使えなくなってしまう。探偵としても生徒としても落第生となった彼女たちに、生徒会長アンリエットが突きつけたのは退学勧告!? 4人は必死にトイズを取り戻そうとするが…。そんな彼女たちを見守る生徒会長。実は彼女の正体は怪盗帝国リーダー・アルセーヌだ。アルセーヌは宿命のライバル・ミルキィホームズとの戦いこそが怪盗としての華だと、彼女たちの復活を願っていたのだ。そんな怪盗の思惑も知らず、ミルキィホームズの4人ときたら、今日もダメダメな毎日を繰り返していく...