第1話　本編

シリーズ第１作の放送開始から35周年の節目を飾るＴＶシリーズ「仮面ライダーカブト」の劇場版。地球の危機を救うため、仮面ライダー史上初となる宇宙空間での壮絶バトルが展開する。1999年、巨大隕石が地球に落下、海は干上がり、ワームと呼ばれる地球外生命体が侵入、人間に擬態して人間社会への潜伏・侵食を始めた。ワームの脅威から人類を守るため、秘密機関ＺＥＣＴ＜ゼクト＞はマスクドライダー・システムを開発、選ばれた戦士＝仮面ライダーとワームとの壮絶な闘いが始まった。やがて反乱分子＜ネオゼクト＞が誕生、三つ巴の闘いへと発展していく。