第1話　本編

太平洋戦争の終戦から10年。動物園で発見された不発弾を狙って怪ロボットが出現した。少年探偵金田正太郎は鉄人28号で迎撃するが、苦戦してしまう。そこに一人の青年が現れた。彼の名はショウタロウ、彼は自分こそが鉄人の正当な操縦者であると名乗り、正太郎以上に優れた操縦技術で鉄人を操って怪ロボットを撃破する。2人の正太郎は実の兄弟のように絆を深め合っていくが、不発弾の正体は非生物だけを破壊する大量破壊兵器、廃墟弾であることが発覚する。その開発者は2人の父、金田博士であった。また、正太郎を狙う謎の傷痍軍人残月と、廃墟弾を狙うベラネード財団の出現によって事件は混迷を極めていく。