第1話　本編

「新世紀エヴァンゲリオン」の庵野監督が、永井豪原作の美少女アクションアニメを佐藤江梨子主演で実写化。亡き父の残した“Iシステム”を狙う秘密結社・パンサークローに、キューティーハニーが仲間と共に立ち向かう。普段は明るいだけが取り得のドジな派遣ＯＬ如月ハニー。しかしそんな彼女の正体は、世界屈指の科学者・如月博士により創り出された無敵のパワーを持つアンドロイド“キューティーハニー”。ある日、今は亡き如月博士の遺志を継ぎ、ハニーのパワーの秘密である“Ｉシステム”を研究する宇津木博士が誘拐されてしまう。犯人は“Ｉシステム”を狙う秘密結社パンサークロー。海ほたるに籠城した犯人に対して、秋夏子警部率いる警察は手も足も出ない。と、その時、キューティーハニーが姿を現わし、犯人一味を次々と倒して、博士を助け出すのだった。