第1話　本編

江戸幕府によるキリシタン弾圧が激しさを増していた17世紀。長崎で宣教師のフェレイラ（リーアム・ニーソン）が捕まって棄教したとの知らせを受けた彼の弟子ロドリゴ（アンドリュー・ガーフィールド）とガルペ（アダム・ドライヴァー）は、キチジロー（窪塚洋介）の協力で日本に潜入する。その後彼らは、隠れキリシタンと呼ばれる人々と出会い……。