第1話　本編

アニメ化15周年を迎えた『るろうに剣心』の完全新作「新京都編」の後編。翁が斬られるのを目の当たりにした葵は、京都御庭番衆御頭となることを宣言し、蒼紫を倒すことを剣心に依頼する。剣心、斎藤、佐之助は志々雄の策略を防ぐため大阪港へと向かう。