第1話　本編

劇場版『ケロロ軍曹』第2弾。今度は、深海を舞台に大海洋アドベンチャーを繰り広げる。水の惑星から地球侵略にやって来たメール王子と従者・マール。ケロロ軍曹が居候する日向家の夏美をさらって姫に迎え、自分たちの世界を建て直そうと企てる。