第1話　本編

1865年5月、土佐勤皇党首領・武市半平太のもとで数々の幕府要人を暗殺し、“人斬り以蔵”と恐れられた岡田以蔵がついに磔の刑に処された。だが、以蔵の怨念は時空間を越え、現代の東京でホームレスに宿る。そして不死身の肉体を備え、怨念と人斬りを生きがいとする“ＩＺＯ”として復活した。ＩＺＯは時空を飛び越え、老若男女や身分を問わず立ちはだかる人々を次々に斬り刻んでいく。その一方、全時空を超越した位相を掌握する権力の中枢・貴族院は、脅威のＩＺＯを抹殺するため、あらゆる時空から様々な刺客を送り込んでいた…。