第1話　本編

広大な宇宙で巨大異星人による二大勢力が戦いを繰り広げていた。一方は男だけの勢力ゼントラーディ軍、もう一方は女だけの勢力メルトランディ軍。そしてこの戦いは地球をも巻き込んでいった。
突然の攻撃に宇宙戦艦マクロスが抗戦したが、トラブルから太陽系外緑に飛び出し地球機関の術を失ってしまう。マクロス無いには都市が形成され、市民は地球への思いを馳せ、生きていた。
そんな彼らの心を癒すのは歌手のリン・ミンメイの歌声だった。
思いがけずスターとなったミンメイが唯一心の支えとしたのは、統合軍バルキリー隊のパイロット一条輝である。
輝にとってもミンメイは心休まる存在であった。が一方で輝は上官である早瀬未沙と同じ戦場に生きる中で、愛の芽生えるのを感じはじめていた。
ミンメイと未沙との愛の狭間で、輝の心は揺れ動く。
熾烈をきわめる戦況の中で、マクロスは人類の希望を賭け、ミンメイの歌を唯一の武器に...