Z/X Code reunion 第11話「第2話　ドライブシャフト起動(イグニッション)！」

世界各地で一斉に観測された【ブラックポイント】から白・赤・青・緑・黒の5つの世界が侵攻し、人類が滅亡の危機に瀕してから長い年月が経った。作中の時間軸では人類と5つの世界の休戦条約が締結され、束の間の平和を迎えている。

原因不明の難病で長らく入院生活を送っていた各務原あづみは日本全国からゼクスをパートナーとするプレイヤーの少女たちを集めた富士御崎学園の第1期生に選ばれ、生まれて初めての学園生活に期待と不安を交錯させていた。知り合ってから日が浅いパートナーのリゲルと入学式の会場への道を急ぐ途中、同じく新入生の天ノ川衣奈と知り合う。

入学式では前年からテスト生として入学していた生徒会長の上柚木綾瀬とその従妹で副会長の上柚木さくらから歓迎を受けるが、式の途中で上空から飛来して来た正体不明の敵からの攻撃により、新入生たちはいきなり実戦に身を投じることになってしまう。