第2話　第29話　時の神殿！再会へのダイブ

マジカルゲート編
西暦2100年、世界はコンピューターネットワーク「ワールドリンク」によって結ばれていた。ワールドリンク上で世界中の子供達が交流できる仮想体験世界「マジカルゲート」に、悪性の自立コンピューターシステムデリトロスが出現。機能の殆どを侵蝕し、ワールドリンク全体、ひいては人間世界をも消滅させようと企む。

マジカルゲートを守る防衛プログラム「ウェブナイト」の1人であるグラディオンは自身とシンクロできる少年、「ウェブダイバー」結城ケントと出会う。最高のパートナーであり親友ともなる彼と共に、洗脳されデリトロスの手先となったウェブナイトと戦い、捕らわれたケントの弟の結城カイト、ライバルの浅羽ナオキ、年上の倉知ショウの3人を始めとするケントのクラスメイトと世界中の子供たちを救い、マジカルゲートの平和を取り戻すために戦うのだった。

デリトロスゲート編
戦いを勝ち抜き、全てのウェブナイトを洗脳から解き放ったグラディオン。だが、彼と仲間たちは「デリトロスゲート」へと強制転送されてしまう。デリトロスの野望を阻止し、現実世界へと帰るため、ケントと仲間たちは冒険の旅を続ける。戦いの果て、デリトロスの攻撃は百万年の過去から続く宇宙規模の侵略であることが明らかになり、現実世界をも巻き込む最終決戦へと繋がっていく。